行政院為統籌科技發展政策，整合跨部會科技發展事務，協調推動全國整體科技發展，於民國101年1月1日正式成立「行政院科技會報」（以下簡稱本會報）。本會報由行政院院長擔任召集人，設副召集人二人，分由本院院長指派秘書長及主管科技之政務委員兼任；委員十三人至十九人，除召集人、副召集人及中央研究院院長為當然委員外，派(聘)本院政務委員、中央相關機關首長及學者專家，擔任科技會報委員，為院長提供國家科技發展決策諮詢及專業建議。科技會報並由「國家科學及技術委員會科技辦公室」擔任幕僚，處理各項幕僚事務。
在組織改造前，我國科技決策體系在中央層級主要由行政院科技顧問組、國家科學委員會以及其他科技相關部會組成。科技顧問組成立於民國68年12月，為國家科學及技術委員會科技辦公室的前身，主要負責研擬政府整體科技施政目標、全球科技情報研析、科技前瞻藍圖規劃、科技政策規劃協調、科技系統創新規劃、重點領域策略布局等工作。組織調整後，為提升政府施政效能、落實跨部會分工協調機制，將由科技會報定期進行國家科技願景及前瞻藍圖審議，訂定政府整體施政目標，作為引領由上而下科技政策推動之依據。並配合每四年全國科技會議之召開，制定國家科學技術發展計畫。在組織定位上，科技會報為行政院院長之科技決策幕僚，也是跨部會協調與國內科技政策智庫的整合平台，將協助政策前瞻與關鍵技術評估，根據既定藍圖、各項會議結論與幕僚建議，對上承接政策指示並進行落實，對下接受政策建議並協調推動。